Наличие внешних ссылок на сайт

Ссылки на ваш сайт с других сайтов играют важную роль в ранжировании сайтов в результате поиска. Чем больше тематических ссылок на ваш сайт, тем выше Яндекс оценивает его. Нетематические ссылки Яндекс также замечает при подсчете ИЦ (индекса цитирования), но придает им меньшее значение.
Очень важно, при оптимизации страниц под конкретные ключевые запросы важно наличие внешних ссылок, в тексте которых присутствует сам запрос. Как и Google, Яндекс учитывает текст в ссылках на сайт и в последствии поднимает сайт по данному запросу.

Яндекс индексирует каталоги?

Только поэтому есть смысл прописываться во всевозможных каталогах. Яндекс смотрит на каталоги как на ссылающиеся сайты, и скорее всего, с высоким LP.
Вы получите не столько траффик с каталогов, сколько поднимитесь в позициях Яндекса за счет повышения LP.

Как узнать в Яндексе, какие (проиндексированные) сайты ссылаются на мой сайт?

Введите в строке поиска #link="www.yoursite.ru" Ответом будет список проиндексированных ссылающихся страниц. Так же можете, посмотреть здесь - http://www.yandex.ru/info/syntax.html